主人公（プレイヤー）によって、アイオンのメインストーリーが解放されていく中、
今回公開された「ハイディーヴァストーリー」を通じて「ハイディーヴァ」が登場し、
「和平提議」と「大破壊」当時の隠されたストーリーが明かされる事になった。

以下がそのストーリーだ。

●隠された話、大破壊の裏側！ハイディーヴァストーリー

以前までの記録によれば、力と権力を渇求したドラカンがドラゴンに覚醒しながら、
竜族を支配する竜帝として登場した。
そして、アトレイア全域で支配力を示した竜帝たちは、アイオンを飛び越える為、
アトレイアからアイオンを追い出し、自分たちが神になろうとした。
ライカンやクラルのような亜人種は、既に竜族に屈服して従っていたが、
ただ人間族だけが竜族に反旗を上げて抵抗した。

アイオンは自分に付く人間を保護して竜帝を倒す為、12人の主神を送って、
自らを保護する為に、純粋なオードの力で成り立った「結界」を生成した。
人間を結界の内側に避難させた 12人の主神は、人間を訓練させて「ディーヴァ」へと
目覚めさせて、竜族の一方的な虐殺では無い、対等な戦闘を行う戦争の様相に変えた。

アイオンを崩そうとする竜族と、アイオンを守ろうとする主神と人間、そして、
ディーヴァの長きに渡る戦争は、「千年戦争」となって持続した。

戦争が持続する中、塔の守護者と同時に、空間の権能を持ったイズラフェル主神が、
戦争を終わらせようとする動きを見せ、竜帝と和平を結ぼうという意見を出したが、
これを屈辱と思った多くの主神とディーヴァは、これに反対した。
しかし、イズラフェル主神は、また異なる塔の守護者であると同時に、
時間の権能を持ったシエル主神を説得、結局竜族との「和平提議」を進行する様になった。

和平の日になると、イズラフェルとシエル主神は、アイオンの結界を解除して、
5人の竜帝を迎えたが、和平の儀式を進行する中、竜帝の1人が倒れ、混乱が始まった。

これに怒った第1 竜帝フレギオンの攻撃により、永遠の塔「アイオン」は2つに割れて、
「大破壊」を迎える様になった。

塔の守護者シエルとイズラフェルは、結界をまた広げて、
オードの力で竜帝を追い出したが、アイオン塔とアトレイアの崩壊を防ぐ事は出来なかった。
そして、大破壊の場にいたディーヴァたちとシエル，イズラフェル主神は、消滅したと伝えられた。

大破壊によって、南と北で別れた 10人の主神とディーヴァたちは、
歳月を経て「天族」と「魔族」になり、壊れたアトレイアの復旧を行いながら、
公共の敵「竜族」と共に、お互いを敵対する様に至る。
しかしその結果、生き残った主神とディーヴァは皆、大破壊当時どんな事があったのか、
誰も分からなくなってしまった...。

アイオン 5.0 アップデート「ハイディーヴァ：永遠の継承者」